Eine Aufgabe der höheren Naturschutzbehörde ist die Förderung im Bereich Naturschutz und Landschaftspflege. Sie entscheidet über unterschiedliche Fördermaßnahmen des Naturschutzes und der Landschaftspflege auf der Basis von Programmen der EU, des Bundes und des Landes Nordrhein-Westfalen. Gefördert werden z.B. Kommunen, Vereine, Naturschutzverbände und Naturschutzorganisationen sowie Landwirte und sonstige Privatpersonen.

Des Weiteren führt die höhere Naturschutzbehörde die Rechtsprüfung von Landschaftsplänen und Landschaftsplanänderungen durch, die von den Kreisen und kreisfreien Städten als Satzungen beschlossenen werden. Liegt ein Landschaftsplan nicht vor, kann sie ordnungsbehördliche Verordnungen zur Ausweisung von Naturschutzgebieten, Landschaftsschutzgebieten, Naturdenkmalen oder geschützten Landschaftsbestandteilen erlassen.

In zahlreichen Zulassungs- und Planungsverfahren erstellt die höhere Naturschutzbehörde naturschutzfachliche Stellungnahmen als Entscheidungsgrundlage für die verfahrensführende Stelle, um die verschiedenen naturschutzrechtlichen Belange nach dem Bundesnaturschutzgesetz zu wahren. Hierzu zählen insbesondere die Vorschriften der Eingriffsregelung, der FFH-Verträglichkeitsprüfung und des besonderen Artenschutzes. Sie berät bei Bedarf die Antragsteller gerne frühzeitig über die konkreten Anforderungen an die Erstellung der Antragsunterlagen.

Zu den weiteren Aufgaben der höheren Naturschutzbehörde gehören die Erteilung der Befugnis zur Kennzeichnung von Wanderwegen an bestimmte Organisationen, wie z.B. Wandervereine, die Entscheidung über die Verwendung der Reitabgabe zur Anlage oder Unterhaltung von Reitwegen und die naturschutzgerechte Unterhaltung und Verpachtung landeseigener Flächen.

Die obere Fischereibehörde weist durch ordnungsbehördliche Verordnung Schonbezirke zur Erhaltung bestimmter Fischbestände oder zum Schutz bestimmter Lebensstätten aus. Sie legt auch die Strecken an Fischwegen fest, in denen der Fischfang verboten ist. Außerdem erteilt die obere Fischereibehörde auf Antrag Ausnahmen von den Fangbeschränkungen nach der Landesfischereiverordnung.

Weitere Aufgaben der oberen Fischereibehörde sind Entscheidungen über fischereiliche Ausgleichsmaßnahmen, Stellungnahmen zur Förderung von Maßnahmen aus Mitteln der Fischereiabgabe, fachliche Stellungnahmen für Dritte in Planungs- und Zulassungsverfahren sowie fachliche Mitwirkung in Gremien für fischereifachliche Programme (z.B. Wanderfischprogramm).