Die Bezirksregierung Köln nimmt als höhere Naturschutzbehörde eine Vielzahl von Aufgaben wahr, um Natur und Landschaft zu schützen, und um die Belange des Natur- und Landschaftsschutzes bei verschiedenen Zulassungs- und Planungsverfahren zu vertreten.

Die Bezirksregierung Köln als höhere Naturschutzbehörde kann Schutzgebiete für Natur und Landschaft ausweisen, sofern kein Landschaftsplan vorliegt. In diesen Fällen erlässt die höhere Naturschutzbehörde gemäß Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) in Verbindung mit dem Landesnaturschutzgesetz (LNatSchG NRW) auf Vorschlag von Dritten oder "von Amts wegen" zum Schutz wertvoller Lebensräume der Tier- und Pflanzenwelt und zur Erhaltung des Landschaftsbildes ordnungsbehördliche Verordnungen zur Festsetzung von Naturschutzgebieten, Landschaftsschutzgebieten, Naturdenkmalen oder geschützten Landschaftsbestandteilen. Im Regierungsbezirk Köln liegen u.a. das "Siebengebirge" als ältestes Naturschutzgebiet Deutschlands und die "Wahner Heide" als artenreichstes Heide-, Moor- und Waldgebiet Nordrhein-Westfalens.

Die Kreise und kreisfreien Städte haben für ihr Gebiet Landschaftspläne aufzustellen und im Rahmen dessen Schutzgebiete für Natur und Landschaft festzusetzen. Die von den Kreisen und kreisfreien Städten als Satzung gemäß LNatSchG NRW beschlossenen Landschaftspläne und Landschaftsplanänderungen sind bei der höhere Naturschutzbehörde anzuzeigen. Die höhere Naturschutzbehörde prüft diese auf Rechtmäßigkeit.

In zahlreichen Zulassungs- und Planungsverfahren, wie z.B. des Bergbaus, Straßen- und Schienenwegebaus, der Regionalplanung oder für Industrieanlagen, nimmt die höhere Naturschutzbehörde gegenüber der verfahrensführenden Stelle fachlich Stellung und prüft die Zulassungsvoraussetzungen im Hinblick auf verschiedene naturschutzrechtliche Belange nach dem BNatSchG. Hierzu zählen insbesondere die Vorschriften der Eingriffsregelung, der FFH-Verträglichkeitsprüfung und für besonders geschützte Arten. Die höhere Naturschutzbehörde bietet allen Vorhabenträgern in Fragen des Natur- und Landschaftsschutzes eine verfahrensbegleitende Beratung an, die frühzeitig in Anspruch genommen werden sollte.