Im Regierungsbezirk Köln befinden sich in den Städten Köln, Bonn, Niederkassel, Wesseling und Leverkusen Güterumschlagshäfen, deren Hafenverordnungen in Ergänzung der allgemeinen Hafenverordnung von der Bezirksregierung Köln erlassen werden. Die unmittelbare Aufgabe der Gefahrenabwehr obliegt den örtlichen Ordnungsbehörden als Hafenbehörde. Die Bezirksregierung wird als Fachaufsicht tätig und kontrolliert, ob die Sicherheit und Ordnung in den Häfen durch die Hafenbehörden gewährleistet wird. Gegebenenfalls koordiniert sie die Tätigkeiten der örtlichen Hafenbehörden und führt regelmäßige Habenbegehungen durch.

Auch für weitere Wasserstraßenangelegenheiten ist sie als Genehmigungsbehörde zuständig, wie beispielsweise die Genehmigung von Fährbetrieben.