Die Bezirksregierung Köln übt die Aufsicht über die sieben Kreise, die Städteregion Aachen und die vier kreisfreien Städte im Regierungsbezirk aus. Hingegen überwachen die Landräte und der Städteregionsrat die 95 kreis- bzw. regionsangehörigen Städte und Gemeinden.

Die Kommunalaufsicht tritt bei Rechtsverstößen nicht an die Stelle der Gerichte, die dem Schutz des Einzelnen dienen. Die Kommunalaufsicht darf nur im Interesse des öffentlichen Wohls eingreifen, nicht aber mit dem Ziel, einem Einzelnen zu seinem Recht zu verhelfen, wenn dieser seine Rechte in einem Zivilprozess oder in einem Verwaltungsstreitverfahren geltend machen kann.

(vgl. OVG Münster, Urteil vom 23.01.1963 – III A 355/57)

Eine weitere Aufgabe der Kommunalaufsicht liegt in der Prüfung von Gründungen kommunaler Unternehmen und gesellschaftlicher Beteiligungen durch Gemeinden. Verschiedene Formen der interkommunalen Kooperation (zum Beispiel öffentlich-rechtliche Vereinbarungen, Zweckverbände) bedürfen einer Prüfung durch die Kommunalaufsicht.

Die Bezirksregierung Köln ist auch die Aufsichtsbehörde über die Stiftungen, die ihren Sitz im Regierungsbezirk Köln haben und von den Gemeinden verwaltet werden. Eine dem Stiftungszweck entsprechende Verwendung des Stiftungsvermögens wird durch das Dezernat 31 überwacht.

Zudem wird bei Kommunal-, Landtags-, Bundestags- und Europawahlen die ordnungsgemäße Vorbereitung und Durchführung überwacht. Die Aufsichtsfunktion erstreckt sich im Wesentlichen auf die Entscheidung über Beschwerden gegen das Wählerverzeichnis, gegen die Zulassung von Wahlvorschlägen sowie über Einsprüche gegen die Gültigkeit der Wahl.