Kerngedanke der WRRL ist die ganzheitliche Betrachtung von Oberflächengewässern und Grundwasser mit ihrer Interaktion innerhalb von Flussgebieten - unabhängig von politischen Grenzen. Mit der Richtlinie wurden ein verpflichtender, einheitlicher Bezugsrahmen für ganz Europa geschaffen und einheitliche Ziele zum Gewässerschutz festgelegt.

Wesentliche Ziele für natürliche Gewässer sind die Herstellung eines guten ökologischen und chemischen Zustandes der oberirdischen Gewässer einschließlich der Küstengewässer. Für künstliche oder erheblich veränderte Gewässer sind die wesentlichen Ziele das Erreichen eines guten ökologischen Potenzials und eines guten chemischen Zustandes, sowie die schrittweise Reduzierung der Verschmutzung der Oberflächengewässer und die Eliminierung gefährlicher Stoffe aus den Gewässern. Weitere Ziele der WRRL sind die Herstellung eines guten chemischen und quantitativen Zustands des Grundwassers.

Weitere Informationen zu den Zielen und Inhalten der Richtlinie sowie zum Zeitplan und zur Umsetzung in Nordrhein-Westalen (NRW) bietet das Internetangebot "Flussgebiete NRW" des Landes NRW.

Grundlage für die Umsetzung der WRRL sind die Flussgebietseinheiten. Das sind die Einzugsgebiete der großen europäischen Flüsse von der Quelle bis zur Mündung. Zu dem Einzugsgebiet eines Flusses gehören auch seine oberirdischen Zuflüsse und das zuströmende Grundwasser. Die Flussgebietseinheiten stellen den Bewirtschaftungsraum für die Gewässer dar. Deutschland ist insgesamt an zehn Flussgebietseinheiten beteiligt. Davon sind fünf national und fünf international. NRW ist an den Flussgebietseinheiten Rhein, Maas, Weser und Ems beteiligt. Die Flussgebietseinheiten wurden teilweise weiter in Bearbeitungsgebiete gegliedert, der Rhein beispielsweise in Oberrhein, Mittelrhein, Niederrhein und Deltarhein. Diese Bearbeitungsgebiete wurden in NRW in die zwölf Teileinzugsgebiete Ems, Emscher, Erft, Ijssel, Lippe, Niers/ Schwalm, Rheingraben-Nord, Ruhr, Rur, Sieg, Weser und Wupper untergliedert.

Die richtlinienkonforme und einheitliche Umsetzung der WRRL auf der Ebene der Teileinzugsgebiete wird in NRW von sogenannten Geschäftsstellen sichergestellt. Die Geschäftsstellen koordinieren und steuern die erforderlichen Fachgremien, sammeln und bewerten die erzielten Arbeitsergebnisse und erstellen Dokumentationen und Berichte. Hierbei wird auch die betroffene Fachöffentlichkeit (z.B. Kommunen, Wasserverbände, Vertreter von Landwirtschaft, Industrie und Umweltverbänden) beteiligt. Außerdem wird in diesem Zusammenhang die interessierte Öffentlichkeit informiert und beteiligt. Bei der Bezirksregierung Köln sind die Geschäftsstellen Erft, Rur und Sieg angesiedelt. Sie bearbeiten die Teileinzugsgebiete Erft, Rur (einschließlich südliche sonstige Maaszuflüsse, Ahr, Kyll) und Sieg. Die bei der Bezirksregierung Düsseldorf angesiedelten Geschäftsstellen Rheingraben-Nord, Wupper und Niers/Schwalm werden durch die Bezirksregierung Köln unterstützt und werden daher als Zuliefergebiete bezeichnet.