In der Verwaltungshierarchie des Landes Nordrhein-Westfalen steht die Bezirksregierung Köln als obere Immissionsschutzbehörde zwischen dem Ministerium für Umwelt, Naturschutz und Verkehr (MUNV NRW) als oberste Immissionsschutzbehörde und den Kreisen und kreisfreien Städten im Dienstbezirk, als untere Immissionsschutzbehörden.

Die Bezirksregierung Köln erteilt nach Bundes-Immissionsschutzgesetz (BImSchG) die Genehmigung für die Errichtung und den Betrieb großer und/oder komplexer industrieller Anlagen, die s.g. Zaunanlagen. Für alle anderen Anlagen sind die unteren Immissionsschutzbehörden im Dienstbezirk zuständig. Abweichend davon werden Betriebe, die der Störfall-Verordnung (12.BImSchV) unterliegen, grundsätzlich von Bezirksregierung Köln genehmigt. Die genauen Zuständigkeiten sind in der Zuständigkeitsverordnung Umweltschutz (ZustVU NRW) festgelegt.

Die Bezirksregierung Köln überwacht die von Ihr genehmigten Anlagen und übt die Fachaufsicht über die unteren Immissionsschutzbehörden in ihrem Dienstbezirk aus. Daneben überwacht sie noch die von Bezirksregierung Düsseldorf nach dem Gentechnikgesetz (GenTG) genehmigten Anlagen und Arbeiten.

Die Bezirksregierung Köln stellt für Gebiete mit hoher Luftbelastung auf Grundlage der Verordnung über Luftqualitätsstandards (39. BImSchV) Luftreinhaltepläne auf. Diese sind nicht zu verwechseln mit den auf Grundlage des BImSchG aufzustellenden Lärmminderungsplänen. Diese werden von den zuständigen kommunalen Planungsbehörden aufgestellt. Näheres hierzu findet sich im Internetangebot des Landesamt für Natur, Umwelt und Verbraucherschutz NRW (LANUV NRW).