Die Bezirksregierung Köln genehmigt und überwacht die Errichtung und den Betrieb der großen industriellen Anlagen. Sie überwacht zudem alle gentechnischen Anlagen und Arbeiten. Die Bezirksregierung Köln stellt Luftreinhaltepläne auf und ist Koordinierungsstelle der Regional-Initiative Wind.
In der Verwaltungshierarchie des Landes Nordrhein-Westfalen steht die Bezirksregierung Köln als obere Immissionsschutzbehörde zwischen dem Ministerium für Umwelt, Naturschutz und Verkehr (MUNV NRW) als oberste Immissionsschutzbehörde und den Kreisen und kreisfreien Städten im Dienstbezirk, als untere Immissionsschutzbehörden.
Die Bezirksregierung Köln erteilt nach Bundes-Immissionsschutzgesetz (BImSchG) die Genehmigung für die Errichtung und den Betrieb großer und/oder komplexer industrieller Anlagen, die s.g. Zaunanlagen. Für alle anderen Anlagen sind die unteren Immissionsschutzbehörden im Dienstbezirk zuständig. Abweichend davon werden Betriebe, die der Störfall-Verordnung (12.BImSchV) unterliegen, grundsätzlich von Bezirksregierung Köln genehmigt. Die genauen Zuständigkeiten sind in der Zuständigkeitsverordnung Umweltschutz (ZustVU NRW) festgelegt.
Die Bezirksregierung Köln überwacht die von Ihr genehmigten Anlagen und übt die Fachaufsicht über die unteren Immissionsschutzbehörden in ihrem Dienstbezirk aus. Daneben überwacht sie noch die von Bezirksregierung Düsseldorf nach dem Gentechnikgesetz (GenTG) genehmigten Anlagen und Arbeiten.
Die Bezirksregierung Köln stellt für Gebiete mit hoher Luftbelastung auf Grundlage der Verordnung über Luftqualitätsstandards (39. BImSchV) Luftreinhaltepläne auf. Diese sind nicht zu verwechseln mit den auf Grundlage des BImSchG aufzustellenden Lärmminderungsplänen. Diese werden von den zuständigen kommunalen Planungsbehörden aufgestellt. Näheres hierzu findet sich im Internetangebot des Landesamt für Natur, Umwelt und Verbraucherschutz NRW (LANUV NRW).
Die Bezirksregierung Köln ist Teil der Regional-Initiative Wind und hat hierbei die Funktion einer Koordinierungsstelle. Zu ihren Aufgaben zählt u.a. die Beratung der Kreise, kreisfreien Städte des Regierungsbezirks sowie der StädteRegion Aachen zu juristischen und fachlichen Fragestellungen und Unterstützung der Genehmigungsverfahren nach dem Bundes-lmmissionsschutzgesetz. Ferner stellt sie den Beteiligten im Rahmen ihrer Bündelungsfunktion eine themenübergreifende Beratung zu allen Fragen im Zusammenhang mit der Genehmigung von Windenergieanlagen zur Verfügung.